L'étymologie habituellement donnée pour Carquefou est celle de la forme ancienne Carcafagus de 1123, soit un "lieu planté de chênes" ou quelque chose comme ça.
Le nom est ensuite noté Querquefou en 1272, plus conforme à la prononciation locale.
Je pense qu'il faut définitivement considérer la forme de 1123 comme une latinisation abusive d'un toponyme breton en caer, et voir dans Carquefou un équivalent haut-breton des noms suivants :
22013 KERGUEVIOU
22138 PRAT BRAS KERGUEFOU
22245 FOSSE DE COAT KERGUEVIOU
22359 KERGUEFFIOU
22087 KERGUIFFIOU BIHAN
tous situés en Côtes-d'Armor.
De plus, la toponymie romane reste muette d'équivalents : seul Carquefeuille à Saint-Sauveur (81, près de Toulouse), pourrait être pris en considération.
L'étymologie bretonne probable est limpide : ker (ar) gefioù, "le village des souches" (= le village construit sur une parcelle défrichée, ce qui correspond bien au lieu, riche en forêts). L'absence de mutation K > G dans Carquefou ne pose pas problème. La forme Kerc'hfaou parfois proposée comme nom breton de la commune est de toute façon aberrante, et a été inventée par un membre du cercle celtique local sûrement peu versé dans l'étymologie...
L'absence de formes anciennes en caer me semble insuffisante pour affirmer que Carquefou n'est pas un ker breton ; c'est le cas pour de nombreux toponymes en car- à cette époque des XIe-XIIIe siècles, dont :
Cardequin à Dol : Cardescun 1270
Carfantin à Dol : Kerfeunti Xe, Karphenton 1266
Carlan à Meslin : Carlan 1089
Calorguen : Carorguen 1187
Caslou à Montauban : Carlou 1230 (car ?)
A vrai dire, d'après les données qui sont à ma disposition, je n'ai retrouvé aucun nom en car motivé par une forme ancienne en caer ! Cela ne semble valable que pour les toponymes ayant évolué en Ker, ce qui conduirait à accepter en Haute-Bretagne une évolution caer> car très précoce, voire originelle.
En tous cas, cette possible étymologie bretonne est renforcée par le fait qu'on trouve quelques noms de lieux bretons au cadastre de Carquefou.